Возвратившийся из-за границы Петр I начал новое следствие по делу стрелецкого бунта - великий розыск. Сестру, царевну Софью, он велел постричь в монахини в Новодевичьем монастыре, а стрелецкое войско решил вовсе уничтожить. За полгода были казнены 1182 стрельца, биты кнутом, клеймены и сосланы 601 человек. Следствие и казни продолжались еще почти десять лет, общее число казненных достигло 2000 человек. Не участвовавшие в бунте московские стрелецкие полки были распущены, стрельцы с семьями высланы из Москвы, и их было даже запрещено принимать в солдаты.